anaconda + screen で activate 時にエラー発生

anaconda screen 機械学習

始めに

私は screen 環境をよく使うのですが、新しい環境で anaconda を初めて使うときなどによく発生するエラーとして以下があります。

何度もハマっている（のに忘れる）ため、備忘のため書いておこうと思います。

エラーについて

どういう時に発生するかと言うと、

1. anaconda を install します。

参考:https://entre-temps.hatenablog.com/entry/setup_machinelearning_env

2. 新しい env を作ります。

$ conda create -n py36_base python=3.6
$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /anaconda3
py36_base                /anaconda3/envs/py36_base

3. screen で使おうと、起動し conda activate py36_base するとエラーが発生します。

~ $ conda activate py36_base

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

原因

何が原因でこれが起こるかというと、要するに .bash_profile を screen はデフォルトではロードしないのです。

.bash_profile には下記の anaconda の初期設定スニペットがインストール時に自動的に追記されます。

そのため、ここがロードされないと正常に環境変数などが設定されないことになり、先程のエラーに繋がります。

# added by Anaconda3 2019.10 installer
# >>> conda init >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$(CONDA_REPORT_ERRORS=false '/opt/anaconda3/bin/conda' shell.bash hook 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    \eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
# . "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"  # commented out by conda initialize
        CONDA_CHANGEPS1=false conda activate base
    else
        \export PATH="/opt/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda init <<<

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/opt/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/opt/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/opt/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

解決方法

至極単純で、.screenrc に次の一行を加え、screen 起動時に .bash_profile を読むように設定すれば解決します。 https://serverfault.com/questions/226783/how-to-tell-gnu-screen-to-run-bash-profile-in-each-new-window/226788

shell -$SHELL

以上です。